コクロの赤潮はどのように発生するのでしょうか?この問題はまだ明らかになっていません。ここでは、赤潮発生機構の一般的な考えを紹介します。
沿岸域や内湾では、生活排水や工場排水、有機物を多く含んだ海底泥からの栄養物質が溶け出したりして、植物プランクトンの成長に必要な窒素や燐などの栄養分が多くなる傾向があります。
こういった海域で水温、塩分、日照時間などの環境条件がそろうと、植物プランクトンの成長が活発になります。
さらに、環境の変化で植物プランクトンを食べる動物プランクトンが少なくなったり潮流や風などによって植物プランクトンが特定の場所に吹き寄せられたりすると、集められた植物プランクトンの色によって海の色が変わって、赤潮と呼ばれる現象になります。